MR(base,高效准确的进行孟德尔随机化研究的网站)
官网如下
通过孟德尔随机化研究,可以基于GWAS的结果来推断不同表型之间的因果关系, 比如使用的很广泛的两样本MR分析
/
具体用法后续在详细介绍。
effect allele
/TwoSampleMR/
1. choose exposures
每一行代表一个不同的算法, nsnp代表模型中的SNP数量,b代笔beta, se代表标准误,pval表示p值。同时还提供了异质性和基因多效性偏倚的评估结果。当然也提供了很丰富的可视化结果,部分内容示意如下
选择结局变量Y对应的gwas结果, 此时只能选择数据库中收录的gwas结果,示意如下
3. Run MR
2. choose outcomes
/articles/34408
对于暴露因素X和结局变量Y两个表型,以遗传变量G为工具变量,通过各自对应的gwas结果来推断二者的因果关系。
SNP
R包的源代码保存在github上, 链接如下
https://github.com/MRCIEU/TwoSampleMR
运行2SMR分析, 调整参数之后,直接点击Perform MR analysis分析即可,结果示意如下
·end·
选择暴露因素X对应的gwas结果,可以上传自己的gwas结果,也可以选择公共数据库。如果是自己上传结果,对格式有一定要求,必须有以下几列
通过官网的web app,可以方便的进行2SMR分析,整个过程分为了以下3步
beta
如果想要更加灵活的进行分析,也可以直接使用TwoSampleMR这个R包,其使用手册网址如下
目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因,蛋白,代谢物,甲基化等不同水平的eQTL研究结果,同时开发了一个R包TwoSampleMR,并封装成了一个web app, 以方便科研人员,高效的利用这些公共数据集开展两样本的MR(简称2SM)分析, 对应的文章链接如下
se
官方的示例文件内容如下
阜外医院窦克非等研究称,冠脉介入围术期心梗发生率为3.1%,六成因分支血管闭塞
围术期心梗(PMI)是最常见的冠脉介入并发症之一,了解其发生原因和相关高危因素,才能更好地降低这一并发症的发生。阜外医院窦克非、尹栋等就此应用美国心血管造影及介入协会(SCAI)新标准进行了单中心回顾性分析。在这项研究中,研究者共纳入冠脉介入患者3371例(3516例次择期PCI),其中围术期心梗发生率为3.1%。测双上臂血压,有了新证据!Hypertension研究
中国基层高血压防治管理指南建议,在患者首次就诊时应测量双臂血压,并在后续就诊时使用读数较高的手臂测量血压。但一直缺乏证据支持。实际上,很多人测血压,仅仅测量一侧上臂的血压。根据发表在Hypertension杂志上的一项研究,测量血压时,首先测量双上臂的血压,之后采用血压较高的一侧来诊断高血压,比仅测量一侧上臂血压更准确,且能更好地预测心血管病风险。识别冠脉临界病变,无创定量血流分数显身手!南京学者研究
杨进刚阜外2023-09-06 18:13:250000JAMA心脏病学子刊:美国患者高强度他汀提高心血管病患者生存率
他汀类药物都知道是种好药,但考虑到肌病等不良反应,往往在老年人群中使用小心。然而近期发表在JAMACardiology上的一项来自美国真实世界近51万人的研究显示,高强度他汀增加心血管病患者生存率,即使在≥75岁患者中。研究显示,对于动脉粥样硬化性心血管疾病(ASCVD)患者,他汀使用强度与死亡率呈现负相关。救治围术期循环呼吸功能衰竭,应早期及时应用ECMO!阜外医院15年经验
体外膜肺氧合(ECMO)是一项救命的技术,目前全球有超出300家中心为严重心肺功能衰竭患者用这项技术治疗,总体出院率55%。近日,中国医学科学院阜外医院胡盛寿院士团队介绍了该院近15年307例心脏外科手术围术期采用静脉-动脉模式体外膜肺氧合(VA-ECMO)辅助支持的患者救治经验。研究表明,对于心脏外科手术围术期出现循环呼吸功能衰竭的患者,总体脱机率为68.4%,出院生存率为51.5%。