MR(base,高效准确的进行孟德尔随机化研究的网站)
选择结局变量Y对应的gwas结果, 此时只能选择数据库中收录的gwas结果,示意如下
2. choose outcomes
通过孟德尔随机化研究,可以基于GWAS的结果来推断不同表型之间的因果关系, 比如使用的很广泛的两样本MR分析
/
每一行代表一个不同的算法, nsnp代表模型中的SNP数量,b代笔beta, se代表标准误,pval表示p值。同时还提供了异质性和基因多效性偏倚的评估结果。当然也提供了很丰富的可视化结果,部分内容示意如下
beta
https://github.com/MRCIEU/TwoSampleMR
SNP
官网如下
R包的源代码保存在github上, 链接如下
运行2SMR分析, 调整参数之后,直接点击Perform MR analysis分析即可,结果示意如下
1. choose exposures
目前gwas的公开结果很多,为了更加高效准确的进行MR分析,科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因,蛋白,代谢物,甲基化等不同水平的eQTL研究结果,同时开发了一个R包TwoSampleMR,并封装成了一个web app, 以方便科研人员,高效的利用这些公共数据集开展两样本的MR(简称2SM)分析, 对应的文章链接如下
对于暴露因素X和结局变量Y两个表型,以遗传变量G为工具变量,通过各自对应的gwas结果来推断二者的因果关系。
具体用法后续在详细介绍。
通过官网的web app,可以方便的进行2SMR分析,整个过程分为了以下3步
/articles/34408
官方的示例文件内容如下
3. Run MR
effect allele
se
·end·
选择暴露因素X对应的gwas结果,可以上传自己的gwas结果,也可以选择公共数据库。如果是自己上传结果,对格式有一定要求,必须有以下几列
如果想要更加灵活的进行分析,也可以直接使用TwoSampleMR这个R包,其使用手册网址如下
/TwoSampleMR/
局麻下TAVR安全可行!阜外医院吴永健等推出极简式TAVR
极简式经导管主动脉瓣置换术(TAVR)理念越来越引起关注,就简化麻醉方面,单纯局麻安全不?中国医学科学院阜外医院吴永健、赵杰等进行的研究显示,在单纯局麻下行TAVR安全、可行,尤其适用于中低危患者,是局麻镇静麻醉TAVR的进一步简化。这项研究共入选2021年3~9月在该院计划在单纯麻醉下行TAVR治疗患者72例,平均年龄74岁。右位心该怎么装起搏器?阜外医院华伟等研究
一个人的心脏长在右侧胸腔,即所谓的右位心,较为少见。这类患者还常常合并其他心脏结构畸形,如果需要经静脉植入起搏导线,就会有一定难度。近日,中国医学科学院阜外医院华伟、顾敏等对该院13例右位心患者经静脉植入永久心脏起搏器的临床经验进行了总结。这13例患者均成功完成永久起搏器植入,其中11例植入双腔全自动型(DDD)起搏器,2例植入单腔心室抑制型(VVI)起搏器。杨进刚阜外2023-09-13 11:32:030000睡觉打鼾者要警惕高血脂!北京研究
北京市预防医学研究中心学者发表的一项研究发现,北京市成年人中有睡眠问题的比例达52.1%,主要睡眠问题是打鼾,这类有睡眠问题人群中血脂异常风险较高。本研究中,打鼾、入睡困难、夜间觉醒、早醒和服用安眠药的比例分别为30.1%、18.8%、24.6%、20.1%和3.0%。美国营养学会发布八条营养补充剂警示信息:乱补有风险!大量服维生素会影响药物功效
2016年美国营养与膳食补充剂的销售额达411亿美元。不过,很多人属于瞎花钱。近日,美国营养与饮食学会发布文件警告:不要乱用营养和膳食补充剂,有些服用后还有可能出问题。其中的八条警示信息包括:1.绝经期女性、男性、纯合子型血色素沉着症患者,没必要服用铁补充剂;2.绝经期女性应避免服用视黄醇补充剂,否则骨密度下降,增加髋骨骨折风险;3.维生素B6补充过多会增加感觉神经病变风险;